Najczęściej wykonywanym zabiegiem w codziennej praktyce chirurga stomatologa jest usunięcie zęba.

Ekstrakcje chirurgiczne obejmują przede wszystkim pozostawione korzenie zęba, które z biegiem czasu zostają obudowane kością oraz zęby zatrzymane lub te o nieprawidłowej budowie.

Resekcja szczytu korzenia zęba polega z kolei na chirurgicznym odcięciu wierzchołka korzenia z równoczesnym usunięciem okołoszczytowego ogniska chorobowego. Powstały ubytek kostny można następnie wypełnić materiałem kościozastępczym, który przyspieszy odbudowę tkanek. Ze względu na postęp w leczeniu endodontycznym zębów, wskazania do tego zabiegu obecnie uległy ograniczeniu. Najczęściej resekcję wierzchołków korzeni wykonuje się w przypadku zębów jednokorzeniowych szczęki (głównie siekaczy i kłów).

Leczenie chirurgiczne torbieli polega na wyłuszczeniu w całości patologicznej jamy wysłanej nabłonkiem wraz z jej torebką. Torbiele dzielą się na te zlokalizowane w obrębie kości ( torbiele wewnątrzkostne szczęk) lub w obrębie tkanek miękkich jamy ustnej, twarzy, szyi. Najczęściej spotykamy torbiele korzeniowe (zapalne), związane z wierzchołkami korzeni zębów ze zgorzelinowa miazgą lub po nieprawidłowo wykonanym leczeniu endodontycznym. Wzrost torbieli odbywa się najczęściej bezobjawowo i bezboleśnie. Niejednokrotnie pacjent dowiaduje się o istnieniu zmiany z wykonanego na zlecenie lekarza zdjęcia radiologicznego..

Chirurgia przedprotetyczna ma na celu przygotowanie jamy ustnej do protezowania, tak aby w sposób prawidłowy przywrócić czynność żucia i mowy oraz estetyczny wygląd pacjenta. Należy dążyć do stworzenia odpowiednich warunków anatomicznych poprzez np. usuniecie nadmiaru dziąsła ( tzw. Ziarniniaka szczelinowatego), który powstaje podczas długotrwałego użytkowania źle dopasowanej protezy. Wykonuje się również pogłębienie płytkiego przedsionka jamy ustnej, podwyższenie zanikłego wyrostka zębodołowego oraz plastykę wędzidełek warg czy języka .

Implantologia i chirurgia okołowszczepowa. Leczenie implantologiczne znajduje obecnie szerokie zastosowanie jeśli u pacjenta wykluczy się przeciwwskazania ogólne i miejscowe. Implantacja natychmiastowa ma miejsce bezpośrednio po usunięciu zęba. Implantacja wtórna zaś wykonywana jest po wygojeniu tkanek. Niejednokrotnie występuje u pacjenta potrzeba przeprowadzenia dodatkowo zabiegu sterowanej regeneracji kości w celu zapewnienia pożądanej regeneracji ubytku kostnego lub też np. podwyższenie dna zatoki szczękowej (sinus-lift) dla zapewnienia odpowiednich warunków do wprowadzenia implantów w szczęce.